Die FÖJlerInnen arbeiten zusammen mit StudentInnen, den TeilnehmerInnen im BFD sowie den hauptamtlichen MitarbeiterInnen des Instituts im Flussseeschwalbenprojekt oder der Beringungszentrale. Dabei erhalten sie Einblick in moderne Arbeits- und Auswertungsmethoden bzw. in die aktuelle Forschungs- und Naturschutzarbeit. Im Sommerhalbjahr, etwa in der Zeit von April bis August, beteiligen sich die FÖJlerInnen an der Datenaufnahme im Freiland, im Winterhalbjahr werden die im Sommer gewonnen Daten mithilfe von PCs aufgearbeitet. Schwerpunkte der Arbeiten sind: Ermittlung brutbiologischer Daten, Verhaltensbeobachtungen, Mithilfe beim Fang und der Beringung und Laboruntersuchungen. Die Freiwilligen, die in der Beringungszentrale eingesetzt werden, arbeiten bei der Betreuung der über 250 ehrenamtlichen Beringer und der Beringungsdatenbank mit, u.a. bei der Digitalisierung älterer Daten aus dem Archiv und aktueller Funddaten.